Gimė 1947 m. balandžio 26 d. Marijampolės apskrityje, Balbieriškio apylinkėje, Paprūdžių kaime. Šeimoje augo dar trys seserys ir brolis.
1965 m. baigė Prienų vidurinę mokyklą ir įstojo į Kauno politechnikos instituto cheminės technologijos fakultetą.1968 m. buvo pasiųstas mokytis į Baku, naftos ir chemijos institutą, kurį baigė 1970 m.
Nuo 1970 m. dirbo Vilniaus gamybinės dujofikacijos valdybos Trakų dujų ūkio eksploatavimo kontoros inžinieriumi, vėliau – vyriausiuoju inžinieriumi.
1985 m. pradėjo dirbti Marijampolės gamybinės dujofikacijos valdybos vyriausiuoju inžinieriumi, o 1989 m. kolektyvo išrinktas tos valdybos viršininku.
1988 m. išrinktas į Lietuvos persitvarkymo sąjūdžio Marijampolės tarybą, nuo 1989 m. – šios tarybos pirmininkas.
1993 m. kovo 25 d. Išrinktas Marijampolės miesto savivaldybės tarybos nariu. Tų pačių metų balandžio 03 d. įstojo į Tėvynės Sąjungą (Lietuvos konservatorius).
Nuo 1995m. – Marijampolės miesto savivaldybės tarybos pirmininkas.
Svarbią vietą Algirdo Jurgio Bajarkevičiaus gyvenime užėmė domėjimasis šachmatais. Jau jaunystės metais žaidė pats, dalyvavo įvairiose šachmatų varžybose, o vėliau dirbo ir šachmatų treneriu.
Nepriklausomybės pradžioje tapo Lietuvos šachmatų federacijos prezidentu, rūpinosi, kad Marijampolėje vyktų aktyvus šachmatų gyvenimas.
1991 m. vykstant IV Pasaulio lietuvių sporto žaidynėm, A. J. Bajarkevičius buvo šių žaidynių organizacinio komiteto narys, PLSŽ šachmatų varžybų, kurios vyko Marijampolėje, vienas organizatorių.
1996 m. žiemą staiga nutrūko Algirdo gyvybės gija. Palaidotas Balbieriškio kapinaitėse.